Meines Wissens nach kriegt man die PvP-tokens primär als Rewards für die BGs. Das über die Gildenquests ist nur ein alternativer Weg um an die Dinger ranzukommen, wohl um die PvE-ler zufrieden zustellen und um die Vorteile einer Gilde hervorzuheben. Ich schätze ma dass diese Gildenquests häufig mit irgendwelchen Quests in Instanzen zum Beispiel einhergehen (bei der 20er Ini ist das auf jedenfall so, da gibts ne Gildenquests: Kille so und soviele Viecher in der Ini) sodass man neben dem Abfarmen der Ini auch gleichzeitig Tokens für das PvP-Gear farmen kann.
Da man ja auch massig Kohle und Equip zum Plusen und Luxen des Gears braucht, kann man neben dem langweiligen Ini abfarmen bisschen was fürs PvP-Gear tun.